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本效益評估之作法係以「合作研究」模式，藉由「強化評估團隊組成」、「採用評估方法」及「納入領域專家與利害團體」等方式，進行個案計畫之目標、過程及結果面向之深度評估。評估對象現階段以「計畫期程在3年以上，且執行逾1年」、「年度經費達1億元以上」及「社會關注者」之中長程個案計畫為主。