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捷運系統大部分路線均置於地下，為避免遭受水患，在系統設計上均有一定之防洪保護設施。臺北都會區捷運系統之防洪規劃設計為整體通盤考量捷運設施功能、使用年限、安全需求、工程經濟及配合大臺北地區防洪計畫之堤防安全與保護程度等因素，採用二百年頻率洪水位加五十公分出水高度作為臺北捷運系統之防洪保護標準，而其防護原則與方式係於上述洪水保護標準下之所有開口(含出土段)及機廠均能有效地防止地面洪水灌入。