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為落實 總統「捍衛主權、漁權」政策，重申我國對於南海、東海固有領域主權與權利，本署提出「強化海巡編裝發展方案」，業於98年4月14日奉行政院核定，於完成後，本署各式艦艇可達173艘，將能強化遠距巡防能量，有效維護我國海洋權益。另我國與日本及菲律賓等周邊國家專屬經濟海域重疊，時有漁業爭議案件發生，本署將持續依「政府護漁標準作業程序」相關規定及「暫定執法線」所定範圍積極遂行護漁任務，以維護我國專屬經濟海域主權與權利，全力保障漁民在執法線內作業安全，並嚴密查察走私槍、毒、農漁畜及菸酒產品入境，以杜絕疫病入侵，保障農漁民生計。故本署就主掌事務及施政目標，研訂「強化編裝精進裝備」等九項重大政策，並提出具體作法，以彰顯本署肩負海洋環境保護、海上搜救、犯罪防制、資源調查保育與科技研究發展工作等重要使命，落實海洋政策和藍色國土之永續發展。